Samenwerkende partijen
Voormalig PAS-partners
Bij de stikstofproblemen in Natura 2000-gebieden zijn veel partijen betrokken die in het PAS met elkaar samenwerkten. Het PAS was een programma van de ministeries van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, Infrastructuur en Waterstaat, en Defensie en de twaalf provincies. De voormalige PAS-partners waren gezamenlijk verantwoordelijk voor de ontwikkeling en uitvoering van het programma.
Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit
Het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit is het verantwoordelijk ministerie voor het natuurbeleid en de wet- en regelgeving rond Natura 2000-gebieden en had daarom het voortouw in de PAS. Het ministerie is verantwoordelijk voor het beleid voor de sector landbouw die een groot aandeel heeft in de Nederlandse stikstofuitstoot. Daarnaast is dit ministerie in bepaalde gevallen het bevoegd gezag dat in het kader van de Wet natuurbescherming toestemmingsbesluiten verleent voor mogelijke effecten op Natura 2000-gebieden.
Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat
Het Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat (IenW) is op nationaal niveau verantwoordelijk voor de beleidsterreinen infrastructuur en milieu, waaronder beleid en regelgeving op het gebied van luchtkwaliteit. De Minister van IenW is in bepaalde gevallen bevoegd gezag voor toestemmingsbesluiten in het kader van het voormalige PAS, namelijk Tracébesluiten. Ook is de Minister verantwoordelijk voor het beheer van diverse (delen van) Natura 2000-gebieden.
Ministerie van Defensie
Het ministerie van Defensie was direct bij het voormalige PAS betrokken omdat het belangrijke delen van Natura 2000-gebieden beheert.
Provincies
De provincies zijn in de meeste gevallen verantwoordelijk voor vergunningverlening in het kader de Wet natuurbescherming, en daarmee ook voor de voormalige PAS-toestemmingen. Ook zijn zij verantwoordelijk voor het beheer van de meeste Natura 2000-gebieden. Daarnaast zijn zij een belangrijke partij bij economische ontwikkeling in de regio.