In het PAS werkten overheden, sommige natuurorganisaties en ondernemers samen. Het RIVM leverde een rekenhulp, AERIUS, waarmee de neerslag van stikstof berekend kan worden. Het PAS was geldig voor 118 Natura 2000-gebieden met stikstofgevoelige natuur (de PAS-gebieden) en gaf ruimte aan economische ontwikkelingen.
Dankzij het PAS werd het mogelijk om toch een vergunning te krijgen voor uitstoot van stikstof, omdat het PAS rekende met de effecten van maatregelen die later genomen zouden worden. Als een activiteit op basis van het PAS toestemming kreeg, hoefde een initiatiefnemer geen aanvullende onderbouwing te geven. Zo zorgde het PAS voor het verlagen van de administratieve lasten.
Het programma maakte het mogelijk de initiatieven landelijk op een eenduidige manier te beoordelen. Eigenaren en beheerders van Natuurterreinen voerden de natuurherstelmaatregelen uit in de Natura 2000-gebieden. Terreinbeheerders werkten mee aan de uitwerking van het PAS per gebied.
Na het PAS
Op 29 mei 2019 deed de Afdeling Bestuursrechtspraak van de Raad van State uitspraak in een tweetal pilotzaken. Met als gevolg dat het Programma Aanpak Stikstof (PAS) niet als basis voor toestemming voor activiteiten mag worden gebruikt. Met deze uitspraak was de stikstofcrisis een feit. Het verkrijgen van een vergunning voor bijvoorbeeld een bouwproject of de uitbreiding van een stal werd daardoor ineens erg moeilijk.
In september 2019 bracht de commissie Remkes en eerste advies uit met het rapport ‘Niet alles kan’ (Rijksoverheid.nl). Eén van de eerste maatregelen die de overheid nam om de stikstofuitstoot in Nederland terug te dringen, was invoering van de maximumsnelheid op snelwegen van 100 km/u overdag. Voor de landbouwsector heeft het kabinet een pakket maatregelen samengesteld, met bijvoorbeeld een subsidie voor innovatie en verduurzaming van stallen en met de gerichte opkoopregeling. Op 1 juli 2021 werd de nieuwe Wet stikstofreductie en natuurverbetering van kracht. Daarin is bepaald dat in 2030 minimaal 50 procent van de hectares met stikstofgevoelige natuur onder een veilige stikstofgrens moet zijn. Door de natuur te versterken en uitstoot bij de bron terug te dringen in de sectoren landbouw, mobiliteit, infrastructuur en woningbouw, wordt perspectief geboden om de vergunningverlening verder op gang te brengen en de natuur te beschermen.