Sinds 1 januari 2009 is de Waterwet van kracht. In deze wet werden wettelijke taken en bevoegdheden rond het grondwater in Nederland anders verdeeld. Waterschappen en provincies en Rijkswaterstaat zijn sindsdien gezamenlijk verantwoordelijk voor de wettelijke taken rond grondwater vergunningen en meldingen. Er zijn nieuwe afspraken gemaakt over de uitvoering van vergunningverlening, handhaving, toezicht en heffingen.
Om het opnieuw verdelen en uitvoeren van de taken mogelijk te maken is het Landelijk Grondwater Register (LGR) opgezet. Een centraal grondwaterregister omdat men in hetzelfde geografisch gebied taken uitvoert. Provincie- en waterschappen grenzen stemmen niet altijd overeen: Sommige waterschappen liggen in twee of meer provincies, provincies hebben vaak te maken met 2 of meer verschillende waterschappen. Een gezamenlijk register kan ook bijdragen aan de uniformiteit en de uitwisseling met overige belanghebbenden, zodat dit de dienstverlening uiteindelijk ten goede komt.
Sinds 2013 worden ook de gesloten bodemenergiesystemen in het LGR geregistreerd, mede vanwege de inhoudelijke overlap met de reed aanwezige open bodem energie systemen en de gelijksoortig van proces (vergunningverlening, meldingen en handhaving).